Ena Mahmutovic wurde 2003 in Duisburg geboren. Sie begann ihre Fußballkarriere als Torhüterin bei Eintracht Duisburg. Später kam sie zum MSV-Duisburg, wo sie zur Saison 2019/20 in die Erste Mannschaft aufrückte. So stand sie 2020 zum ersten Mal für ein Pflichtspiel in der
Bundesliga auf dem Platz. Inzwischen war sie vom Tor aufs Feld gewechselt. Sie hat zum Saisonende 2023/24 den MSV Duisburg verlassen und wurde vom FC Bayern München unter Vertrag genommen.
Bei der U20-Weltmeisterschaft 2022 war sie im Kader, wurde aber nicht eingesetzt. Für die A-Nationalmannschaft wurde sie erstmals 2023 nominiert.